Para seguir con su gran labor de acercar al hombre con Dios, el Papa Shenouda III, que ha fundado Iglesias por todo el mundo (África, Europa, Asia, Australia, Norteamérica y Sudamérica), mandó en el año 2001 al Padre Mikhail Eduard para celebrar la primera misa en México y bautizar a la primera familia mexicana en Julio de 2001, así como para comprar un terreno y en él construir una Iglesia. El terreno se compró el 2 de octubre de 2001, en Tlayacapan, estado de Morelos, y en enero de 2002 empezó la construcción de la Iglesia con capital propio de su Santidad.

El 11 de Julio de 2002 su santidad el Papa anunció en la Catedral de San Marcos en el Cairo, Egipto, la fundación de la primera Iglesia Copta Ortodoxa en México.

El 12 de Septiembre de 2002 el padre Mikhail Eduard celebró la primera misa en el terreno de la Iglesia.

El 25 de Febrero de 2003 se publicó el nombre de la Iglesia Copta en México en el Diario Oficial de la Federación.

El 11 de Junio de 2003 el padre Mikhail Eduard recibió el registro de la Iglesia Copta de la mano del Subsecretario de Gobernación y la presencia del Director de Asuntos Religiosos en la Ciudad de México. Y más tarde, su santidad mandó al padre Mikhail para que celebrara más misas y bautizará a más personas.

El 1º de Enero de 2006 se empezó el servicio con el padre Zakaria Albramousy con misas, bautizos, etc.